Документи вперше згадують про нього як про військового осавула у 1750 р. На Січі, куди Калнишевський потрапив ще у 8 років, він пройшов шлях від джури до найвищих посад у Війську Запорозькому. Відзначався своїм розумом та фізичною силою. Був військовим осавулом і відповідав за стан та організацію війська, потім суддею Війська Запорозького низового (1760 р.). У 1762 р. обраний кошовим отаманом, але того ж року після зустрічі у Москві з царицею Катериною II усунутий із посади. У січні 1765 р всупереч царській волі старшина знову обрала його кошовим і переобирала на цю посаду протягом наступних 10 років (до ліквідації Січі Катериною ІІ у 1775 р.). За мужність у російсько-турецькій війні 1768—1774 рр. Військо Запорозьке отримало щедру подяку від цариці. Кошовий отаман у віці 80 років став кавалером найвищого ордену Російської імперії — Андрія Первозванного, йому присвоєно військовий чин генерал-поручика Російської армії.У своїй політиці обстоював земельні володіння і територіальні права Запоріжжя, задля чого неодноразово їздив з депутаціями до Петербурга (1755—1756 рр., 1762 р., 1765 р.). Прагнув посилити свою владу й обмежував права старшин та козацької ради. Дбав про поширення хліборобства та торгівлі у запорозьких степах, про заселення запорозьких земель, сприяючи переселенню туди селян з Лівобережної України, Правобережної України й Слобідської України. Попри вимоги поміщиків, не видавав із володінь Січі втікачів. Уважав створення хуторів і зимівників засобом стримування наступу царизму на територію Вольностей Війська Запорозького низового: у 1770 р. там налічували 45 сіл та близько 4000 хуторів-зимівників. Калнишевський був людиною заможною і віруючою. Коштом Калнишевського збудовано церкви: святої Трійці у с. Пустовійтівка, Покрови Пресвятої Богородиці у м. Ромни, Свято-Миколаївську у м. Сміле тощо; придбано багато церковної літератури. Він фінансово  підтримував чимало сільських шкіл.Під час війни з Туреччиною українські козаки настільки прославилися  своєю мужністю і військовою доблестю, що багато хто з російських офіцерів і сановників вважали за честь записатися в один із 38 козацьких куренів. Першим записалися граф Панін та князь Прозоровський, згодом – астроном Ейлер, у 1772 р. – фаворит імператриці генерал-поручик Потьомкін. За давнім козацьким звичаєм його нарекли новим прізвиськом – Грицьком Нечесою (за велику патлату білу перуку).

 Кючук-Кайнарджійська угода Росії з Туреччиною 10 липня 1774 р., що завершила війну, стала черговим поштовхом для царизму в реалізації смертного вироку Запорізькій Січі. Вищі урядові чиновники Росії П. Румянцев, М. Панін, Г. Потьомкін вважали, що Запорізька Січ як бастіон проти турецько-татарської експансії стала непотрібною. А на думку імператриці Катерини ІІ, існування в тилу імперії Запорізької Січі було надто небезпечним для монархії. Не забула імператриця й того, що під час селянської війни під проводом О. Пугачова Запоріжжя активно підтримувало повсталих і багато хто з її учасників знайшли притулок на Січі.

4 червня 1775 р., за наказом імператриці Катерини ІІ Запорізька Січ була зайнята російськими військами. На другий день, за розпорядженням царського генерала Текелі з січових сховищ забрали і вивезли боєприпаси, козацькі клейноди, матеріальні цінності й архів запорізької військової канцелярії. Кошового отамана Петра Калнишевського, військового писаря Івана Глобу і військового суддю Павла Головатого було арештовано у наметі Текелі і закуто у кайдани.  10 червня 1776 р. згідно з указом Катерини ІІ за № 1419 останній кошовий Петро Калнишевський під охороною 7 конвоїрів був відправлений на довічне заслання у Соловецький монастир «за віроломне буйство та розорення російських підданих».

Про трагічну долю колишніх запорізьких керівників не могли довідатись навіть найближчі родичі. Лише значно пізніше, майже через століття, дослідники встановили, що кошового П. Калнишевського заслали у Соловецький монастир, військового писаря Глобу – у Туруханський, а військового суддю Головатого – у Тобольський монастир. Останній кошовий отаман запорізьких козаків провів чверть століття у нелюдських умовах, він був по суті живцем замурований у кам’яному мішку. Лише тричі на рік – на Пасху, Преображення та Різдво – його виводили з келії. У 1801 р. новим російським царем став Олександр І. Було оголошено загальну амністію, однак, 110-річний П. Калнишевський відмовився залишати монастир, вказавши у «проханні» на царське ім’я: «…не можу одважитися йти у дорогу таку далеку, а вирішив залишок днів моїх присвятити служінню єдиному Богу у цьому блаженному усамітненні, до якого за двадцять п’ять років звик я остаточно…».Помер П. Калнишевський на 113 р. життя 31 жовтня 1803 р. Похований біля Свято-Преображенського собору Соловецького монастиря.

Навесні 1887 р. Соловки відвідав український історик Дмитро Яворницький. Його праці донині є найважливішим джерелом наших знань про ув'язнення отамана. У контексті дослідження долі Петра Івановича слід підкреслити особливу роль П.Єфименка, відомого російського історика, який відшукав у Архангельську справу про висилку до Соловецького монастиря кошового Петра Калнишевського. У листопаді 1875 р. журнал «Русская старина» опублікував його статтю «Калнышевский, последний кошевой Запорожской Сечи». Так було повернуто із забуття героїчну постать Запорізької Січі як уособлення волелюбного духу українського народу.У  2008 р. Помісний Собор Української Православної Церкви Київського Патріархату у зв'язку з 1020-літтям Хрещення Київської Русі-України благословив приєднати праведного Петра Багатостраждального (Калнишевського) до лику святих для загального церковного шанування, занести його ім'я у православний церковний календар, чесні останки праведного Петра вважати святими мощами та віддати їх на волю Божу. Собор благословив будівництво храмів на його честь.  Пам'ять праведного Петра Багатостраждального — 14 (1) жовтня, у день Покрови Пресвятої Богородиці, покровительки козацтва.

ЦІКАВІ ФАКТИ:

Згідно з дослідженнями історика та письменника Данила Кулиняка, третій Президент України Віктор Андрійович Ющенко є далеким родичом легендарного кошового отамана. Двоюрідний брат Петра Калнишевського Ничипір Ющенко був козацьким старшиною із Хоружівки, а сучасні Ющенки цього села є його нащадками. 
 

Постать Петра Калнишевського є однією з головних у системі образів історичного роману «Журавлиний крик» видатного українського письменника Романа Іваничука. Майно останнього кошового отамана Запорізької Січі після арешту було присвоєно державою, але дещо з конфіскованих грошей виділялося на його утримання. Калнишевський був не простим в'язнем і отримував 360 рублів на рік, тоді як інші арештанти і ченці жили всього на 9 рублів. Гроші старець витрачав не на себе. У 1794 р. він пожертвував Спасо-Преображенському собору срібний хрест вагою більше 30 фунтів (13,6 кг), а на честь свого звільнення подарував монастирю Євангеліє в оправі з позолоченого срібла вагою більше двох пудів (32 кг).«Дбайливий» граф Григорій Потьомкін періодично цікавився у Синоду, чи живий ще запорізький отаман. Однак Петро Калнишевський пережив і «ясновельможного князя», і «імператрицю Всієї Русі» Катерину ІІ. За весь час ув'язнення в'язень жодного разу не звернувся ані до неї, ані до її наступників з проханням про помилування. Однак і злоби до цариці старий козак не плекав, навіть на схилі літ свою тюремницю-царицю він поминав не інакше, як «блаженна і вічнодостойна пам'яті найясніша імператриця велика Катерина». А коли після 17 років в одиночній камері сліпого Калнишевського вперше вивели на світло (щоб просто перевести в іншу в'язницю), першими його словами були: «Хто царем тепер? Як царі живуть нині, і які гаразди на Русі тепер?».